Βρέθηκε νέος τρόπος για την ανάλυση της δομής του RNA

Βρέθηκε νέος τρόπος για την ανάλυση της δομής του RNA

Βρέθηκαν νέα στοιχεία για τη δομή του RNA.

Το RNA ή το ριβονουκλεϊνικό οξύ διαδραματίζει ουσιαστικό ρόλο σε πολλές βιολογικές διεργασίες, όχι μόνο ως αγγελιοφόρο μόριο με στόχο τη μετάδοση της γενετικής πληροφορίας από τον πυρήνα στο κυτταρόπλασμα για την παραγωγή πρωτεϊνών, αλλά και ως πρωταγωνιστής διαφορετικών και σημαντικών κυτταρικών μηχανισμών.

Σε πολλά από αυτά, η δομή του διαδραματίζει καθοριστικό ρόλο. Η δομή είναι διαφορετική και χαρακτηριστική για κάθε RNA, ανάλογα βέβαια με την αλληλουχία των συγκεκριμένων μονάδων, γνωστές ως νουκλεοτίδια. Μια ερευνητική ομάδα από τη SISSA, με επικεφαλής τον καθηγητή Giovanni Bussi, έχει αναπτύξει ένα μοντέλο προσομοίωσης με υπολογιστή που προβλέπει αποτελεσματικά την τρισδιάστατη διαμόρφωση του νήματος RNA ξεκινώντας από μια ακολουθία νουκλεοτιδίων.

«Η δομή του RNA είναι ένας κρίσιμος παράγοντας για πολλές από τις λειτουργίες του», εξηγεί ο Giovanni Bussi. «Ο πειραματικός προσδιορισμός των δομών του RNA μπορεί να διαρκέσει χρόνια, γι ‘αυτό και υπάρχει μεγάλο ενδιαφέρον για την ανάπτυξη μεθόδων για την πρόβλεψη της δομής του. Μέχρι σήμερα, τα προγνωστικά μοντέλα έχουν επικεντρωθεί κυρίως στη μελέτη των τμημάτων RNA που σχηματίζουν διπλούς έλικες. και μπορεί να γίνει με συγκεκριμένες και πολύπλοκες διαμορφώσεις που διέπονται από τις αποκαλούμενες «μη κανονικές» αλληλεπιδράσεις, οι οποίες είναι πολύ διαφορετικές από εκείνες που προβλέπονται από το μοντέλο διπλού έλικα του Watson-Crick για το DNA».

Τα τρέχοντα μοντέλα προσομοίωσης, λέει Bussi, «λειτουργούν πολύ καλά και είναι σε θέση να προβλέψουν μια ποικιλία πιθανών δομών. Το πρόβλημα είναι ότι δεν είναι σε θέση να μας υποδείξουν ποια είναι η σωστή δομή. Το δικό μας μοντέλο , το οποίο χρησιμοποιεί μια απλοποιημένη αναπαράσταση του RNA έχει σχεδιαστεί ρητά για να προβλέψει μη κανονικές αλληλεπιδράσεις, και έχει αποδειχθεί πολύ αποτελεσματικό από αυτή την άποψη».

Για να δοκιμάσουν την ποιότητά τους, οι ερευνητές χρησιμοποίησαν το νέο μοντέλο για να προβλέψουν τη δομή μορίων του RNA των οποίων η τρισδιάστατη διαμόρφωση είναι γνωστή, ξεκινώντας από τη γνώση της αλληλουχίας. «Συγκρίνοντας τις προβλέψεις μας με τις γνωστές δομές, έχουμε καταλάβει ότι η προσέγγισή μας λειτουργεί πραγματικά καλά», επιβεβαιώνει ο Giovanni Bussi.

Αυτό θα μπορούσε να ρίξει φως στη σχέση μεταξύ της δομής και της λειτουργίας του RNA. Ο Bussi λέει ότι «Εάν, για παράδειγμα, μπορούσαμε να βρούμε το μόριο RNA που είναι ικανό να προκαλέσει ακριβείς διαδικασίες εντός του οργανισμού με σημαντικά θεραπευτικά αποτελέσματα, λόγω της ειδικής δομής του, αυτό θα ανοίξει πραγματικά νέες προοπτικές πάνω σε αυτόν τον τομέα».

ΑΦΗΣΤΕ ΜΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΗ

Παρακαλώ εισάγετε το σχόλιο σας!
Παρακαλώ εισάγετε το όνομά σας