Στα χνάρια του R6 βαδίζει πλέον το R1 της Yamaha, εφοδιασμένο με την πιο μοντέρνα τεχνογνωσία, που αναπτύχθηκε μέσα από τα pit των MotoGP. Η εταιρεία των τριών διαπασών έδωσε ιδιαίτερη έμφαση στην εξέλιξη των ηλεκτρονικών συστημάτων της. Πιο συγκεκριμένα, το σύστημα YCC-T (Yamaha Chip Controlled- Throttle), που χρησιμοποιήθηκε αρχικά στο R6, πλέον βρήκε τη θέση του -και μάλιστα αναβαθμισμένο- στο σύστημα εισαγωγής του νέου R1.
Το συγκεκριμένο σύστημα παίρνει εντολές από μία εξελιγμένη ηλεκτρονική μονάδα κι ελέγχει κατάλληλα και με ακρίβεια την παροχή καυσίμου και τη λειτουργία των πεταλούδων των σωμάτων του ηλεκτρονικού ψεκασμού. Κατά αυτό τον τρόπο επιτυγχάνεται η καλύτερη απόκριση του κινητήρα σε όλο το φάσμα των στροφών. Στόχος του τεχνικού επιτελείου της Yamaha ήταν να ομαλοποιήσει την απόδοση του κορυφαίου κινητήρα της εταιρείας, ενώ παράλληλα αύξησε την ισχύ του στο άνω άκρο των στροφών κατά 5 ίππους.
Ο κινητήρας είναι επιπλέον εφοδιασμένος με ένα νέο ηλεκτρονικό σύστημα, που ελέγχει τον όγκο του αέρα στην εισαγωγή, με στόχο την αύξηση των επιδόσεων. Το νέο σύστημα YCC-I (Yamaha Chip Controlled-Intake) αποτελεί καινοτομία της Yamaha, μιας και είναι η πρώτη εταιρεία που εφαρμόζει το συγκεκριμένο σύστημα σε μοτοσικλέτα παραγωγής. Το σύστημα αποτελείται στην ουσία από δύο χωνιά, τα οποία συνδέονται με ένα σερβομοτέρ, που με τη σειρά του καθορίζει την απόσταση μεταξύ τους, μεταβάλλοντας αντίστοιχα τον όγκο του αέρα που ορίζουν.
Άλλο ένα ξεχωριστό χαρακτηριστικό του νέου κινητήρα είναι η κεφαλή του. Η Yamaha για πρώτη φορά θέτει στο περιθώριο την πενταβάλβιδη τεχνογνωσία της, και χρησιμοποιεί νέα διάταξη με τέσσερις βαλβίδες, μία μέθοδο στην οποία είχε καταλήξει από το 2004, όταν ο σχεδιαστής της Μ1 Furusawa κατασκεύασε τέσσερα μοτέρ για την M1. Αντιστοίχως τροποποιήθηκε το σχήμα του θαλάμου καύσης και η γωνία μεταξύ των βαλβίδων ορίστηκε στις 24 μοίρες.
Οι βαλβίδες εισαγωγής είναι κατασκευασμένες από τιτάνιο και τα ελατήρια όλων των βαλβίδων από ελαφρύ κράμα μετάλλου. Στο σύνολό τους οι νέες βελτιώσεις έχουν αυξήσει τον όγκο της εισαγωγής και κατά συνέπεια τις επιδόσεις του συνόλου. Επιπλέον, ο κινητήρας είναι εφοδιασμένος με νέο, μονόδρομο συμπλέκτη, που υπόσχεται να ενισχύσει την ελκτική πρόσφυση κατά την επιβράδυνση και την επιτάχυνση της μοτοσικλέτας.
Καινούργιο είναι επίσης το αλουμινένιο πλαίσιο της μοτοσικλέτας. Πιο συγκεκριμένα, έχει υποστεί τρεις διαφορετικές κατεργασίες, με στόχο να επιτευχθεί η επιθυμητή ακαμψία αλλά και ελαστικότητα, ώστε να συνεργάζεται αρμονικά με τις επιδόσεις του αναβαθμισμένου μοτέρ. Το 5ης γενιάς Deltabox πλαίσιο χρησιμοποιεί ως ενεργό μέρος του τον κινητήρα, ο οποίος στηρίζεται σε αυτό με έξι σταθερές βάσεις. Τα πρεσαριστά αλουμινένια τμήματα έχουν πάχος 2,5 χλστ. Το νέο πλαίσιο ανεβάζει τον πήχη στις επιδόσεις του κρατήματος και αυξάνει την πληροφόρηση του αναβάτη κατά τη διάρκεια της οδήγησης, σύμφωνα με τις αναφορές του επιτελείου της Yamaha.
Σημαντικές αλλαγές πραγματοποιήθηκαν στον τομέα των αναρτήσεων. Αναβαθμίστηκε το πίσω αμορτισέρ, τόσο στην προφόρτιση όσο και την απόσβεση επαναφοράς, προκειμένου να ενισχυθεί η πρόσφυση του πίσω τμήματος της μοτοσικλέτας. Επιπλέον, άλλαξε η σχεδίαση του ψαλιδιού, που εμφανίστηκε με ασύμμετρη διάταξη. Το νέο ανάποδο πιρούνι της Soqy των 43 χλστ. διαθέτει νέα, μεγαλύτερα έμβολα και διαφορετικές ρυθμίσεις για να εναρμονιστεί η λειτουργία του με το καινούργιο πλαίσιο.
Το εμπρός σύστημα πέδησης απέκτησε μικρότερους δίσκους (310 χιλιοστά) και δαγκάνες έξι εμβόλων που υπόσχονται ασυναγώνιστες επιδόσεις. Η Yamaha κατάφερε να κάνει ακόμη πιο επιθετική κι επιβλητική την αισθητική του R1, χωρίς να εκτραπεί από την αρχική φιλοσοφία της. Αισθητή διαφορά αποτελεί η πλάγια τομή του φέρινγκ, η οποία συντελεί στην καλύτερη απαγωγή της θερμότητας από τον αναβαθμισμένο κινητήρα. Τον εξοπλισμό του ολοκληρώνουν τα νέα περιφερειακά και τα επανασχεδιασμένα γραφικά του.
